Profesor del Departamento de Ciencias Históricas y Geográficas de la Universidad de Tarapacá.
Investigador Asociado del Centro de Investigación Intercultural e Indígena (CIIR).
Director del Núcleo Milenio sobre Turberas Andinas (AndesPeat).
La agenda de investigación de Manuel Prieto se encuentra en la intersección de la ecología política y cultural, la geografía política y la ciencia ambiental. Su objetivo principal es desentrañar las conexiones intrincadas entre las distintas formas de conocimiento ecológico, la economía política, el proceso de formación del Estado y la interacción de las identidades con la naturaleza en la configuración y perpetuación de territorios desiguales.
En sus proyectos en curso, pone un énfasis particular en comprender las transformaciones socioecológicas que ocurren en los humedales altoandinos y los valles agrícolas del Desierto de Atacama. Estas transformaciones las examina en relación con factores como el cambio climático, la privatización de la naturaleza, la gestión cultural de los recursos hídricos, los cambios en el uso de la tierra y las actividades industriales.
El Dr. Prieto ha publicado en destacadas revistas científicas y ha recibido financiamiento para la investigación de la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID) de Chile y la beca Fulbright, entre otros. Además, es miembro de comités editoriales de varias revistas científicas y actualmente ejerce como Director del Comité de Evaluación de Geografía y Urbanismo de Fondecyt (Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
